Teori konspirasi ala Om Jerinx dan Mardigu memang lebih mudah di fahami daripada harus membaca jurnal ilmiah yang bikin pusing walau di baca berulang-ulang. Ga percaya? Coba deh baca jurnal Nature tentang asal coronavirus-2019 di link berikut ini https://www.nature.com/articles/s41591-020-0820-9…
Kalau sudah baca dan bingung apa itu Polybasic Cleavage Site, O-linked Glycan Residues, ACE2, Receptor Binding Domain (RBD), Spike Protein, S1 dan S2 Subunit, berarti anda perlu melakukan beberapa googling lebih jauh. Anggap saja mereka itu molekul-molekul yang masing-masing memiliki bentuk dan sifat berbeda karena pada dasarnya semuanya terdiri dari kombinasi atom dan asam amino yang berbeda, seperti racikan makanan yang menghasilkan rasa berbeda. RBD adalah bagian duri virus corona yang suka nempel dengan permukaan sel manusia, bagian permukaan sel manusia yang suka sama virus corona itu di sebut ACE2.
Gambar di bawah ini adalah ringkasan Nukleotida (gen) dari virus corona jika di bentangkan lurus dari kiri ke kanan, faktanya nukleotida virus itu jika di lihat di bawah mikroskop terlihat seperti benang kusut, tidak berwarna, karena ukuran asam amino dan protein penyusun nukleotida itu terlalu kecil, lebih pendek dari gelombang cahaya yang berwarna (visible wavelength), jadi warna yang di gunakan hanya rekayasa untuk membantu melabel bagian2 yang berbeda.
Walaupun peneliti tidak meniadakan kemungkinan bahwa virus corona di buat di laboratorium, hasil penelitian genetik menunjukkan bahwa virus ini muncul di alam secara alamiah hasil seleksi alam. Karena:
1. 96% gen virus covid-19 itu identik dengan virus corona yang di temukan di kelelawar. Tapi “its spike diverges in the RBD, which suggests that it may not bind efficiently to human ACE2” tapi (duri virus itu berbeda pada RBD yang mengindikasikan dia tidak akan menempel efektif dengan ACE2)
2. 91% gen virus covid-19 itu identik dengan virus corona yang di temukan di trenggiling. “some pangolin coronaviruses exhibit strong similarity to SARS-CoV-2 in the RBD, including all six key RBD residues (Fig. 1). This clearly shows that the SARS-CoV-2 spike protein optimized for binding to human-like ACE2 is the result of natural selection.” (beberapa virus corona trenggiling memiliki kemiripan dengan SARS-CoV-2 pada RBD, termasuk enam residu RBD penting. Ini menunjukkan protein duri SARS-CoV-2 telah dioptimalkan untuk menempel dengan ACE2 seperti pada manusia adalah hasil seleksi alam). Virus covid-19 di sebut juga SARS-CoV-2. sedangkan SARS-CoV saja merujuk pada virus SARS tahun 2002/2003.
3. Satu-satunya perbedaan mencolok antara virus covid-19 pada manusia dengan virus corona pada kelelawar dan trenggiling adalah adanya Polybasic Cleavage Site yang hanya di temukan pada virus covid-19 yang menginfeksi manusia. Ini tidak di temukan pada virus corona kelelawar dan trenggiling. Lihat gambar di bawah, Polybasic Cleavage Site adalah deretan Asam Amino yang terdiri dari (RRAR), R = Arginine, A = Alanine. Arginine = C6H14N4O2 . Alanine = C3H7NO2. Mereka semua adalah ikatan dan kombinasi rumit atom-atom Carbon, Hidrogen, Nitrogen, dan Oksigen.
Sejauh ini, baik betacoronavirus kelelawar atau betacoronaviruses trenggiling tidak memiliki polybasic cleavage sites. Meskipun belum ada coronavirus hewan yang telah diidentifikasi yang cukup mirip untuk di katakan sebagai nenek moyang langsung SARS-CoV-2, keanekaragaman coronavirus pada kelelawar dan spesies lain secara besar-besaran masih kurang di teliti/sampel. Mutasi, penyisipan, dan penghapusan dapat terjadi di dekat persimpangan S1-S2 pada virus korona, yang menunjukkan bahwa polybasic cleavage site dapat timbul oleh proses evolusi alami.
Kotak berwarna-warni kecil pada diagram di
bawah adalah deretan berbagai macam asam amino yang menyusun gen virus
tersebut. Di bandingkan antara virus covid-19 pada manusia, virus corona
pada kelelawar, virus corona pada trenggiling, virus SARS (tahun
2002/2003), dan virus2 corona lainnya yang di temukan pada kelelawar. Di
dalam kotak berwarna-warni itu ada huruf yang merupakan singkatan dari
jenis asam amino yang terdapat di dalamnya. Misalnya huruf A, R, N, D,
C, dst. A artinya Alanine, R = Arginine, N = Asparagine, D = Aspartic
acid, C = Cysteine, dan sebagainya. Ada 500 macam asam amino yang muncul
secara alami di alam dan ada 20 jenis asam amino yang terdapat pada gen
makhluk hidup. Jadi warna-warna tersebut mewakili jenis asam amino yang
sama untuk mempermudah identifikasi, dan terlihat jelas banyak warna
yang sama antara virus-virus yang berbeda-beda, mengindikasikan bahwa
virus tersebut mirip dan berasal dari nenek moyang yang sama.
>>> 6 buah asam amino utama yang melakukan kontak dengan reseptor ACE2 sel manusia ditandai dengan highlight warna biru. Perhatikan gambar deretan asam amino SARS-CoV-2 yang ada highlight warna biru adalah pada bagian L455, F486, Q493, S494, N501 and Y505. Pada virus SARS-CoV trenggiling di bawahnya juga terdapat asam amino yang sama persis, yaitu L455, F486, Q493, S494, N501 and Y505. Sementara asam amino serupa tidak di temukan pada SARS-CoV- kelelawar dan SARS-CoV tahun 2002/2003. Akan sangat jelas jika anda perhatikan foto pertama di bagian bawah, bagian (a) Receptor Binding Domain ACE2 Contact Residues, perhatikan bagian yang merujuk pada titik L455, F486, Q493, S494, N501 and Y505 yang di tandari highlight warna biru pada deretan asam amino.
>>> L455, F486, Q493, S494, N501 and Y505 adalah bagian virus
yang menempel dengan kuat pada bagian ACE2 pada sel manusia. Deretan
kode asam amino itulah yang di sebut RBD. dan RBD yang sama persis di
temukan juga pada virus corona trenggiling, tetapi tidak di temukan pada
virus corona kelelawar dan SARS 2002/2003. Karena inilah peneliti
memperkirakan bahwa virus corona kemungkinan berasal dari kelelawar,
karena gen identik 96%, tetapi tidak memiliki RBD yang efektif menempel
pada ACE2. Dan melewati trenggiling terlebih dahulu dimana virus
tersebut memperoleh RBD yang efektif menempel pada ACE2. Setelah
memiliki RBD sekarang virus bisa menempel dengan efektif pada sel
manusia di bagian ACE2.
Sebagian besar jurnal penelitian ditulis dalam bhs Inggris dan kalaupun di terjemahkan ke bhs Indonesia, isinya penuh kata-kata teknis yang tidak ada persamaan bhs Indonesianya sehingga tetap susah di fahami kalangan umum. Penerjemah jadi harus melakukan banyak borrowing. Borrowing adalah ketika penerjemah mencomot bahasa asing secara utuh dan di gunakan pada terjemahannya karena tidak ada kata di dalam kamus bhs Indonesia untuk istilah asing tersebut, mungkin karena itu istilah baru berdasarkan penemuan baru di luar negeri sehingga tidak ada persamaan di dalam kamus bhs Indonesia. Contoh: Polybasic Cleavage Site, O-linked Glycan Residues, ACE2, akan sulit di terjemahkan ke bhs Indo, jadi akan lebih aman jika tetap pakai istilah aslinya daripada salah terjemah sehingga pembaca makin bingung.
Saya bukan ahli biologi molekuler
atau virologist jadi tulisan ini murni upaya orang awam yang suka
belajar sains untuk memahami virus corona, jika ada bagian-bagian yang
salah mohon di koreksi. Terimakasih.
----Update----
Konsekuensi fungsional dari polybasic cleavage site (singat aja PCS) di SARS-CoV-2 tidak diketahui, dan akan penting untuk menentukan dampaknya pada transmisi dan patogenesis pada model hewan. Eksperimen dengan SARS-CoV telah menunjukkan bahwa penyisipan PCS di persimpangan S1-S2 meningkatkan fusi sel-sel tanpa mempengaruhi entri virus. Selain itu, pembelahan efisien spike/duri MERS-CoV memungkinkan virus korona yang mirip MERS dari kelelawar untuk menginfeksi sel manusia. Pada virus Flu Burung, replikasi dan penularan cepat pada populasi ayam yang sangat padat menimbulkan akuisisi PCS dalam protein hemagglutinin (HA ), yang berfungsi mirip dengan protein duri coronavirus. Akuisisi PCS di hemagglutinin (HA), dengan penyisipan atau rekombinasi, mengubah virus patogenesitas flu burung yang rendah-patogen menjadi bentuk yang sangat patogen. Akuisisi PCS oleh HA juga telah diamati setelah virus melewati kultur sel atau hewan secara berulang-ulang. (Sederhananya, keberadaan PCS pada virus2 lain di atas menunjukkan bahwa PCS itu meningkatkan penularan/patogenitas virus2 tersebut. Fungsi PCS pada virus Covid-19 belum di ketahui secara pasti tetapi kemungkinan itu meningkatkan patogenitas atau penularannya pada manusia seperti virus2 lain di atas)
Fungsi dari O-linked glycans residue yang diprediksi tidak jelas, tetapi mereka dapat membuat 'domain seperti musin (sejenis protein, silahkan google apa itu mucin)' yang melindungi epitop atau residu utama pada protein spike SARS-CoV-2. Beberapa virus menggunakan domain seperti musin sebagai perisai glycans (google apa itu glycan) yang melibatkan immunoevasion (kemampuan menghindari sistem kekebalan tubuh). Meskipun prediksi O-linked glycans residue kuat, penelitian eksperimental diperlukan untuk menentukan apakah situs ini digunakan dalam SARS-CoV-2.
O-linked glycans residue juga tidak mungkin terjadi karena perjalanan kultur sel (di dalam laboratorium), karena fitur-fitur tersebut menunjukkan keterlibatan sistem kekebalan tubuh.
Contoh: Virus atau bakteri akan menumbuhkan kemampuan untuk menghindari atau mengelabui sistem kekebalan tubuh hewan hanya jika mereka sudah pernah berinteraksi dengan hewan tersebut, misalnya virus X setelah masuk ke tubuh si A, 99% virus X mati di bunuh antibodi di dalam tubuh si A, akan tetapi sekarang ada sisa 1% virus X yang bertahan, mereka akan lebih sulit di bunuh antibodi si A karena virus tersebut adalah tipe virus X yang paling tangguh dan memiliki kemampuan mengelabui antibodi si A, ini adalah seleksi alam yang di lalui banyak virus dan bakteri yang menimbulkan penyakit, seperti virus Flu musiman yang selalu bermutasi sehingga antibodi tidak bisa selalu menaklukkan virus Flu pada setiap musim (itulah mengapa kita sering terkena flu setiap tahun), vaksin Flu pun selalu di perbaharui setiap tahun mengikuti perkembangan dan prediksi mutasi virus Flu tersebut)
Referensi:
1.https://www.nature.com/articles/s41591-020-0820-9…
2.https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.02.19.950253v1
3.https://jvi.asm.org/content/94/7/e00127-20
4.https://academic.oup.com/glycob/article/28/7/443/4951691
5.https://en.wikipedia.org/wiki/Amino_acid
Comments
Post a Comment